三级剪切研磨均质机藻类的厚壁孢子具有坚韧的细胞壁，会阻碍对细胞内生物质的提取。因此在提取海藻油前，必须对海藻细胞进行破壁处理。超声波法或超微加超声法是目前实验室对藻细胞进行破壁的常用方式，且破壁效率高，一般细胞破壁率都可以达到95-98%。在海藻生物柴油工厂采用这类破壁方法存在两个主要问题，一是设备昂贵，二是能耗高。采用机械破壁法、物理法和酶解法对螺旋藻进行破壁试验证实，机构法的破壁效果较好且易操

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